Год 0093 Вселенского Века. Печально известный Чар Азнабль [シャア・アズナブル], получивший прозвище Красная Комета в Одногодичной Войне, вышел из укрытия, чтобы возглавить армию Нео-Зеона в войне против Федерации Земли. Только его злейший враг, пилот Амуро Рэй [アムロ・レイ], может помешать планам Нео-Зеона обрушить астероид «Ось» на Землю.