Действие разворачивается в 0096 году вселенского века, спустя три года с событий «[anime=87]Мобильный воин Гандам: Ответный удар Чара[/anime]» и за 27 лет до начала «[anime=88]Мобильный воин Гандам Эф-91[/anime]». Главный герой, студент Академии Анахайм по имени [character=9465]Банаджер Линкс[/character], оказывается втянут в противостояние Земной Федерации и террористической группировки The Sleeved за обладание «Ящиком Лапласа», предмета, предположительно способного изменить весь ход дальнейшего развития человечества. А начинается всё в день, когда [character=9465]Банаджер[/character] знакомится с [character=9497]Одри Берн[/character].