После победы над последним Ангелом, у Nerv остался единственный враг — люди под командованием Seele. Впавшему в депрессию нерешительному [character=89]Синдзи Икари[/character] предстоит сделать важный выбор: полностью принять существование человечества или отказаться от человеческой индивидуальности. Параллельно, командующий Nerv [character=1257]Гэндо Икари[/character] готовится инициировать проект совершенствования человечества, используя [character=86]Рей Аянами[/character] и Лилит для реализации своей заветной мечты. Судьба мира висит на волоске, приближается решающая финальная битва. [i]«Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» служит альтернативным финалом противоречивых последних эпизодов «[anime=30]Евангелион нового поколения[/anime]».[/i]