В июле 2008 года человечество столкнулось с угрозой вымирания: тектоническое оружие, намного более разрушительное, чем любой известный вид ядерного оружия, уничтожило половину планеты в мгновение ока. Тяжёлые землетрясения прошлись по поверхности Земли, планета слетела со своей оси, а пять континентов были разорваны на части и затоплены глубоко под водой. Попытка немногочисленных выживших спастись в открытом космосе провалилась: космические корабли сошли с орбиты и упали на Землю. Вместе с кораблями исчезли и все надежды на спасение. Однако один из кораблей уцелел, совершив аварийную посадку на небольшом острове, чудом уцелевшем от разрушения. Члены экипажа решают остаться на этом острове и основывают колонию. В октябре 2010 года на острове рождается мальчик Конан [コナン], принеся новый луч надежды и света во тьму разрушенной планеты. Спустя несколько лет, когда почти все выжившие умирают и единственными людьми на острове остаются Конан и его дед, он находит на берегу девочку по имени Лана [ラナ]. С этого и начинаются их последующие приключения.