Прямое продолжение аниме-сериала «[anime=481]Югио! Дуэльные монстры[/anime]». С момента битвы против [character=1375]Фараона[/character] прошло уже полгода. [character=1374]Юги Муто[/character] и его друзья перешли в третий класс старшей школы, и они думают над тем, чем будут заниматься в будущем. В это время [character=1378]Сэто Кайба[/character] не бросает попытки вернуть душу [character=1375]Фараона[/character], попутно заново собирая «Головоломку тысячелетия», но ему мешает загадочный человек по имени [character=135768]Аигами[/character]. Также [character=1378]Сэто[/character] работает над новой системой виртуальных дуэлей, способной перевернуть всю индустрию «Дуэльных монстров».