После того, как Макото Юки [Makoto Yuuki] перевелся в частную академию Гэккокан, на него напал странный монстр, называемый Тенью. Он пробудил в юноше необычную силу, позволяющую вызывать Персону. Увидев большой потенциал Макото, члены секретного школьного клуба SEES, ведущие борьбу против этих загадочных существ, предлагают ему присоединиться к ним. Всегда и от всего отстраненный Макото равнодушно принимает предложение, однако со временем он начинает чувствовать крепкую связь со своими новыми товарищами. Настало лето. Битва далека от завершения, тем не менее расследование продвигается — друзья узнают способ раз и навсегда положить конец «Темному часу»... Но Макото чувствует, что может потерять единственное место, объединяющее его со своими друзьями.