Альтернативное средневековье. В этом мире людям приходится сосуществовать с монстрами ёма, охотящимися на людей и пожирающими своих жертв. Для борьбы с ёма некая Организация создаёт орден воинов полулюдей, полуёма, и этот орден встаёт на защиту человечества, однако требует за это плату. Воинов ордена называют «Клеймор» по тому оружию, которым они владеют, но многие их зовут «серебряноглазыми ведьмами» из-за характерной внешности и безразличного отношения к другим. Каждая Клеймор имеет свой ранговый номер, дающийся в соответствии с силой и способностями. История начинается с момента знакомства Клэр [クレア] — девушки, получеловека, полуёма, что пришла в небольшой городок выполнять одно из заданий Организации — и Лаки [ラキ], молодого человека, чьих родителей убил местный ёма. Эта встреча была отнюдь не случайна. Наших героев ждут нелегкие испытания, что прольют свет на все происходящее в этом мире и историю Клеймор, какой бы та легкой не казалась.