Что происходит, когда два человека любят друг друга, однако судьбой им не уготовано быть вместе? Такаки Тоно [遠野貴樹] с детства был близок с Акари Синохарой [篠原明里], но в средней школе из-за переезда семьи Акари в другой город дети вынуждены прекратить совместное времяпровождение и свести общение к телефонным разговорам и переписке, дав обещание поддерживать связь и в будущем. Однако время и жизнь порознь проложили между их сердцами расстояние гораздо больше территориального... «Пять сантиметров в секунду» — это романтическая драма, уделяющая основное внимание обыденной и суровой реальности отношений на расстоянии. Застрявшие в прошлом, неспособные заполнить пустоту воспоминаний из детства новыми, Такаки и Акари остаётся лишь цепляться за надежду встретиться снова, влача унылые будни, причиняя боль себе и окружающим их людям в ожидании этого дня.