Микото Мисака, одна из сильнейших эсперов 5-го уровня в Академия-Сити, узнаёт страшную правду. ДНК, полученное от неё в детском возрасте, было использовано для создания огромного количества клонов. Выращены они были с одной целью — создания сильнейшего в мире эспера 6-го уровня. В результате данного эксперимента множество копий, к каждой из которых Микото относилась как к родной сестре, были принесены в жертву. Какие испытания выпали на долю Микото и её подруги Куроко [白井 黒子]? Об этом мы узнаем во втором сезоне «Рейлгана».