Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги [草薙 素子] ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник». В разгар расследования Бато [バト] сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник? С каждым новым случаем отдел шаг за шагом приближается к разгадке. Но кто же — Кукольник? Что будет с отношениями между Бато и Мотоко? И какая правда скрывается за этими тщательно спланированными преступлениями?