Сюжет истории разворачивается после окончания турнира «Священный Путь», что проходил в предыдущей части аниме. Тэнма [Tenma Matsukaze] возвращается в среднюю школу Раймон, но это уже не та школа, что он знал, а все участники команды больше не играют в футбол. Когда же Тэнма встречает Альфу [Alpha], капитана команды «Протокол Омега», он понимает, что находится в параллельном мире, где Альфа — участник секретного проекта по уничтожению футбола в будущем. Чтобы помочь Тэнме в его приключениях, фургончик команды из предыдущей части был изменен в летающую машину времени.