Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах. Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — [character=1960]Дайсукэ Мотомия[/character], [character=4166]Иори Хида[/character] и [character=4165]Мияко Иноуэ[/character]. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята отправляются в новое приключение.