В 1889 году мир переживает техническую революцию. Но не всё идёт гладко — зловещий враг, известный как Гаргойл [ガーゴイル / ネメシス・ラ・アルゴール], одержимый идеей восстановления империи Атлантов, начинает приводить в жизнь планы по захвату мира. Надя [ナディア・ラ・アルウォール], молодой изобретатель Жан [ジャン・ロック・ラルティーグ] и капитан Немо [ネモ], путешествующий на подводной лодке Наутилус, начинают свою борьбу против Гаргойла и его Нео-Атлантиса.