В 1999 году корабль пришельцев терпит крушение на острове Южной Аталии — теперь человечество знает об иной жизни за пределами Земли. Десять лет спустя тот самый корабль перестроили и окрестили его SDF-1 Macross.  Однако в день его первого полёта раса пришельцев, зовущихся зентреди, появляется на Земле, тем самым положив начало войне, которой суждено изменить историю обеих рас навсегда.